Sin embargo, desde un primer momento se trató de encontrar una alternativa más económica para que el genotipado fuese viable a nivel de hembras. El primer chip de bajo coste que se empleó fue el denominado 3K que contenía 3.000 de las 50.000 posiciones. Rápidamente se desarrollaron aplicaciones informáticas capaces de estimar las 47.000 posiciones faltantes y poder hacer evaluaciones equivalentes. Este proceso se denomina imputación. Ya en 2013 dentro del consorcio se comenzó a desarrollar el chip Eurog10K que contenía 7.000 posiciones standard más 3.000 seleccionadas de forma específica para nuestra población, con las cuales la “imputación” y por tanto la calidad de la evaluación genómica mejora bastante haciéndola equivalente a la evaluación con el chip original. Además, este chip nos ha servido para incorporar información de gran importancia como marcadores asociados a genes recesivos (Brachyspina, Blad, CVM…), a otros genes de interés como el Polled, Factor Rojo, al tipo de proteína producida, haplotipos relacionados con la fertilidad, etc. Y además permite realizar investigación sobre nuevas regiones de interés en el futuro. Actualmente, estamos usando la versión 5 de este chip. Recientemente se ha publicado una comparativa entre las prestaciones y precios de esta plataforma en comparación con la información publicada en la web Holstein USA (Cuadro I).

Cuadro I. Servicios ofrecidos junto al genotipado y coste a través de CONAFE y Holstein USA.

El ganadero colaborador tiene a este respecto una situación muy ventajosa ya que dispone de acceso a la información más completa que se puede tener en la actualidad, integrado en su programa de mejora y a un precio altamente competitivo. El servicio también se ofrece a ganaderos que actualmente no participen en ninguna de las asociaciones que forman CONAFE.

Durante este tiempo también se ha mejorado notablemente la capacidad para analizar genealogías usando la información genómica, debido principalmente al incremento de animales genotipados. De esta forma, estamos mejorando una de las piezas básicas del programa y por supuesto se mejora la fiabilidad de la información publicada.

Figura 1. Evolución del porcentaje de hijas registradas en CONAFE por año de nacimiento en función de la prueba de su padre, Genómico o toro en prueba hasta 2011, Toro probado por descendencia y Toro de Monta Natural.

El mercado del vacuno de leche que hasta la llegada de la genómica se había caracterizado por una clara preferencia por el uso de toros cuyas pruebas estuviesen contrastadas con un número elevado de hijas, está evolucionando rápidamente hacia el uso de toros superiores en nivel genético pero con pruebas menos fiables. En la Figura 1 se muestra como desde la aparición de la selección genómica a nivel comercial más o menos durante el año 2011 el número de hijas de toros jóvenes va aumentando cada año, si en 2010 estábamos en el 20% que correspondía a las hijas de toros en prueba, frente al 74 % de hijas de toros probados, en el año 2015 las hijas de toros genómicos (sin prueba todavía de hijas) llega al 43% y las de toro con prueba de hijas cae hasta el 51%. Si se mantiene esta progresión es probable que en este 2016 las hijas de toros genómicos sean tantas o más que las hijas de toros probados. Nuestra población va reduciendo lentamente el número de hijas de toros de monta natural que ya se sitúa en el 6%.

El incremento en el uso de toros con un valor genético más alto de forma consistente se traducirá en los próximos años en un mayor progreso genético de nuestra población. La menor fiabilidad de las pruebas de los toros sin hijas se compensa con el genotipado de novillas y el uso de programas de acoplamiento, que además de aumentar la probabilidades de éxito del acoplamiento evitar la aparición de problemas como los genes recesivos en la explotación.

José Antonio Jiménez.
Departamento Técnico CONAFE.